牡丹江医学院由1946年始建的牡丹江专区医院、1956年始建的黑龙江省卫生干部进修学校于1958年共同创建，是黑龙江省东南部地区唯一一所省属普通本科医药院校，著名历史学家郭沫若先生题写了校名。

　　1997年一次性通过教育部本科教学合格评价。2006年在教育部本科教学水平评估中，专家组给予了优秀评价。2010年被列为黑龙江省特色应用型本科高校。2012年被评为全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校。2015年被授予"全国文明单位"称号，在教育部临床医学专业认证中获得了6年有效期，居地方医学院校领先水平。2016年在国家本科教学审核评估中获得专家组高度评价。2020年被选为黑龙江省特色应用型本科示范高校。

　　学校长期坚持"为农村办学，为基层服务"的办学方向，获得国家和社会的充分认可。"为农村培养乡土型医师的探索与实践"获国家级优秀教学成果特等奖。

　　学校占地面积77万平方米，建筑面积40万平方米，教学科研仪器设备总值1.97亿元，资产总值9.8亿元。

　　学校本科招生面向全国28个省、自治区、直辖市，现有全日制硕士研究生、本科生11866人。学校开设临床医学、医学影像技术、制药工程、公共事业管理等21个本科专业，涵盖医学、理学、工学和管理学4个学科门类。其中临床医学、医学影像学、麻醉学、医学检验是省级重点专业，临床医学、医学影像学、医学检验技术、制药工程四个专业列为省级一流本科专业建设点。医学影像学是省级一类特色专业、国家级一类特色专业建设点和省人才培养模式创新实验区，口腔医学、临床医学、医学影像学、麻醉学专业列为本科一表招生。临床医学、基础医学、生物学、护理学、公共卫生学、药学、生物医学工程为硕士学位授权一级学科，硕士授权二级学科30个。基层实用型临床医学列为黑龙江省"双一流"建设项目--全省特色学科建设学科。基础医学、生物学、内科学和影像医学与核医学为省级重点学科。人体解剖学、组织学与胚胎学、医学遗传学、病原生物学、医学影像设备学和诊断学为省级精品资源共享课程，《常见感染病》《常见心血管病的诊治》为省级精品在线开放课程，《灿烂的口腔》为省级精品视频公开课程，《机能学》为省级线上线下混合式一流课程。